Nació en Santiago, Chile, el 19 de junio de 1835; hijo del ex diputado, don José Domingo Amunátegui Muñoz y Carmen Aldunate Irarrázaval. Hermano del ex diputado propietario, don Miguel Luis Amunátegui Aldunate.
Se casó con Guillermina Valdés Lecaros y tuvieron cuatro hijos.
Se recibió de abogado, el 28 de junio de 1859 y ejerció su profesión en Santiago, pero sin gran continuidad, porque sirvió algunos puestos públicos. En 1862 fue nombrado profesor de gramática castellana e historia antigua, griega y romana, en la Escuela Militar; en 1864 fue nombrado jefe de sección del Ministerio de Justicia y en 1871 ascendió a oficial mayor, subsecretario, del mismo; jefe de sección del ministerio mencionado, en 1874. En 1870 fue catedrático de Código de Comercio de la Universidad. En 1873 desempeñó la gerencia del Banco Inmobiliario y al año siguiente fue nombrado Juez de Comercio de Santiago, en 1874; abogado de la Corte de Apelaciones de Santiago desde en 1876-1877; ministro integrante de la Corte de Apelaciones, en 1876.
En 1878 fue enviado a Europa en comisión especial para estudiar los mejores textos de enseñanza. Regresó, y formó parte de la Comisión Revisora del Código de Enjuiciamiento Criminal.
Desempeñó la Rectoría del Instituto Nacional, 2 de abril de 1880 al 27 de octubre de 1886; y formó parte del Consejo de Instrucción Pública.
Fue secretario de la Escuela de Leyes de la Universidad de Chile.
Durante el desempeño de sus variadas actividades laborales, colaboró con la prensa y escribió y/o tradujo algunos libros interesantes; corrigió, anotó y publicó una nueva edición del Código Civil y alcanzó a redactar algunos comentarios del Código de Comercio.
Tradujo algunas obras célebres, para el servicio de las bibliotecas populares.
Fue electo diputado suplente por "Lontué", período 1867-1870; y también fue electo suplente por Llanquihue y Osorno. Integró la Comisión Permanente de Constitución, Legislación y Justicia.
Se incorporó en propiedad por "Llanquihue y Osorno", en reemplazo de don Benjamín Vicuña Mackenna, que, electo propietario por éste y por Valdivia, optó por esta última representación.
Electo diputado propietario por "Ovalle", período 1870-1873; integró la Comisión Permanente de Constitución, Legislación y Justicia.
Participó en el Congreso Constituyente de 1870, cuyo objetivo fue reformas a la Carta Fundamental de 1833.
Electo diputado propietario por "San Fernando", período 1879-1882; fue diputado reemplazante en la Comisión Permanente de Constitución, Legislación y Justicia.
Electo senador suplente por Ñuble, período 1888-1894; reemplazó a don Domingo Santa María González, que falleció en julio de 1889. Se incorporó al Senado el 23 de julio de 1888; fue vicepresidente del Senado el 11 de enero al 3 de junio de 1892. Integró la Comisión Permanente de Constitución, Legislación y Justicia; y la de Educación y Beneficencia.
Falleció en mayo de 1892.
Firmó como senador, el acta de deposición de Balmaceda, en 1891.
Falleció en Santiago, Chile, el 9 de mayo de 1892.